Šta se dešava u unutrašnjosti jednog člankovitog crva? Kako su raspoređene određene vrste ćelija u telu jednog vodozemca meksičke ambistome? Kako izgleda struktura nervnih ćelija kod zebre ribe? Ukoliko se želelo odgovoriti na ovakva biološka pitanja do sada je postojala samo jedna mogućnost: iseći životinje deo po deo i onda ispitivati pod mikroskopom, pri čemu bi mnoge važne strukture bile uništene.
Mnogo elegantnija varijanta je tzv. „rasvetljavanje“. Pri tom se životinje specijalnom hemijskom metodom učine providnim. Određene vrste ćelija markiraju se specijalnim fluorescentnim bojama.
Uz pomoć ultra-mikroskopa životinja se obasja i tako nastaju spektakularni snimci koji nose ogromnu količinu bioloških informacija. Dosadašnje tehnike mogle su biti optimizovane samo za pojedinačna posebna tkiva, kao na primer za mozak miša ili za vinsku mušicu. Sa novom metodom moguće je bilo koju životinju učiniti providnom i osvetliti. Na kompjuteru se može napraviti 3D-model životinje. Veliki izazov pri ovom procesu je to što u jednom organizmu postoji niz pigmenata koje prethodno treba razgraditi.
Ukoliko se žele ispitati tačno određene strukture ili ćelije, one se mogu markirati fluorescentnim molekulima. Čim ih laserski zrak pogodi, one odašilju svetlo i postaju tako vidljive. Na ovaj način mogu se oslikati trodimenzionalne strukture u unutrašnjosti životinje ili ispitati prostorna podela određenih ćelija ili molekula u telu.
